Хлор реагирует с водой, образуя гипохлоритную кислоту (HOCl) и ионы гипохлорита (OCl-), которые вместе известны как свободный хлор. Эти соединения проникают в клеточные стенки микроорганизмов и разрушают внутренние структуры клеток, такие как ферменты, делая их неспособными к функционированию.